Parámetros Internos

RasMol posee un cierto número de parámetros internos que pueden ser modificados usando la orden "set".
Estos parámetros controlan un cierto número de opciones del programa como las opciones de presentación y el mapa de botones del ratón.
 
 

Set Ambient
 

Syntax:  set ambient {<value}

El parámetro "ambient" de RasMol se usa para controlar la intensidad de la luz de fondo en la pantalla. El valor de "ambient" debe estar comprendido entre 0 y 100; este valor se encarga de controlar la intensidad, en porcentaje, de la sombra más oscura de un objeto. En el caso de que el objeto sea opaco, este valor es la intensidad de las superficies que estén fuera de la fuente de luz o a la sombra. Para objetos con profundidad (depth-cued) es la intensidad de los objetos más alejados del observador.

Este parámetro se utiliza para monitores con diferentes valores gamma de brillo, para cambiar el grado de claridad u oscuridad con el que aparece una imagen al ser impresa desde pantalla; o bien para alterar la sensación de profundidad producida en las representaciones de alambre o cinta.
 
 

Set Axes
 

Syntax:  set axes <boolean
         set axes on
         set axes off

El parámetro de RasMol "axes" controla la visualización de los ejes de coordinadas ortogonales en la representación actual. Los ejes coordinados son aquellos utilizados en el archivo de datos de la molécula y el origen es el centro de la caja de unión de la molécula. La orden "set axes" es parecida a "set boundbox" y "set unitcell", que visualizan la caja de unión y la celda unidad cristalográfica respectivamente. Con "set axes on" los caracteres X, Y y Z se visualizan en la dirección positiva de los ejes cartesianos.
 
 

Set Backfade
 

Syntax:  set backfade on
         set backfade off

Se puede "sombrear" un color de fondo arbitrario, en lugar del simplemente negro. Se controla con los comandos "set backfade on" y "set backfade off". Por ejemplo, podemos usar esta característica para generar representaciones wireframe (alambre) con profundidad que se desplacen al blanco, en lugar de simplemente negras.
 
 

Set Background
 

Syntax:  set background {<colour}

El parámetro de RasMol "background" se utiliza para establecer el color del fondo. Puede especificarse el color con el nombre correspondiente, o bien por medio de componentes tripletes de Rojo, Verde y Azul (RGB) separados por comas y delimitados por corchetes. Help colours proporciona una lista de los nombres de colores predefinidos y reconocidos por RasMol. Si se utiliza X Windows, RasMol es capaz de reconocer aquellos colores que se encuentran en la base de datos de nombres de colores del servidor X. Las órdenes "set background" y "background" son sinónimas.
 

Set BondMode
 

Syntax:  set bondmode and
         set bondmode or

La orden de RasMol "set bondmode" controla el mecanismo utilizado para seleccionar enlaces individuales. Al utilizar las órdenes "select" y "restrict" se selecciona un determinado enlace, sí el modo de enlace es "or" cualquiera de los átomos conectados es seleccionado; o bien si el modo de enlace es "and" los dos átomos conectados por el enlace son seleccionados. Por lo tanto, se puede seleccionar un enlace dado identificado con la orden "set bondmode and" y luego seleccionando únicamente los átomos a ambos extremos.
 
 

Set Bonds
 

Syntax:  set bonds <boolean

La orden RasMol "set bonds" controla la visualización de enlaces dobles y triples como líneas o cilindros múltiples. Actualmente esta orden solo puede ser leída en ficheros de formatos MDL Mol, Sybyl Mol2, Tripos Alchemy y algunos Brookhaven PDB. Los enlaces dobles y triples se especifican en archivos PDB especificando un enlace dos o tres veces en registros CONECT. El comando "set bonds on" activa la visualización de la orden "bond" y las ordenes "set bonds off" y "set bonds off" la desactiva.
 
 

Set BoundBox
 

Syntax:  set boundbox <boolean

El parámetro "boundbox" de RasMol controla la visualización de las cajas de unión de la molécula en cuestión. La caja de unión es ortogonal a los ejes coordinados originales del archivo de datos. La orden "set boundbox" es parecida a "set axes" y "set unitcell"; éstas últimas visualizan ejes de coordenadas ortogonales y la celda unidad respectivamente.
 
 

Set Cartoon
 

Syntax:  set cartoon <boolean
         set cartoon <number

Por defecto, el extremo C -terminal de las hojas beta se visualiza como cabeza de flecha. Podemos activar o desactivar esta representación usando la orden "set cartoons", y ajustar la profundidad de la imagen. La orden "set cartoons" sin parámetros devuelve las opciones a sus valores por defecto.
 
 

Set Display
 

Syntax:  set display selected
         set display normal

Esta orden controla el modo de visualización en RasMol. Por defecto, "set display normal", visualiza la molécula en la representación especificada por el usuario. La orden "set display selected" cambia el modo de visualización de tal manera que la molécula aparece temporalmente dibujada para indicar su parte seleccionada. El esquema de color especificado por el usuario y la representación permanecen inalterados. En esta representación los átomos seleccionados aparecen en amarillo, mientras que los no seleccionados en azul. El color de fondo pasa a ser gris oscuro para indicar el cambio en el modo de visualización. En la mayoría de los casos, esta orden es únicamente utilizada por Interfaces Gráficos del Usuario externos (IGU).
 
 

Set HBonds
 

Syntax:  set hbonds backbone
         set hbonds sidechain

El parámetro de RasMol "set hbonds" determina si los enlaces de hidrógeno se trazan entre los átomos donantes y aceptantes del enlace de hidrógeno "set hbonds sidechain", entre los átomos de carbonos alfa del eje de la proteína, "set hbonds backbone", o entre los átomos de fósforo del eje del ácido nucleico "set hbonds backbone". La orden "hbonds" controla la visualización real de los enlaces de hidrógeno. El trazado de enlaces de hidrógeno entre los carbonos alfa de proteína o los átomos de fósforo de los ácidos nucleicos resulta útil cuando el resto de la molécula es representada esquemáticamente, con los modelos "backbone", "ribbons" o "strands". Este parámetro es similar a "ssbonds".
 
 

Set FontSize
 

Syntax:  set fontsize {<value}

La orden "set fontsize" sirve para controlar el tamaño de los caracteres de las etiquetas "labels" de los átomos. Este valor corresponde a la altura de los caracteres visualizados en pixels. El valor máximo de fontsize es de 32, mientras que el valor inicial es de 8 pixels de altura. Para visualizar las etiquetas de los átomos en la pantalla se utiliza el comando de RasMol "label", y para cambiar el color de dichas etiquetas, "colour labels".
 
 

Set Hetero
 

Syntax:  set hetero <boolean

El parámetro "set hetero" sirve para modificar el funcionamiento preestablecido de la orden "select" de RasMol, esto es, el funcionamiento de "select" sin ningún parámetro. Cuando este valor es falso (false), la región inicial de "select" no incluye ningún átomo heterogéneo (véase hetero). Cuando este valor es verdadero (true), la región inicial select puede contener átomos hetero. Este parámetro es parecido a "hydrogen", que determina si los átomos de hidrógeno deberían incluirse en el grupo inicial. Para los parámetros "hetero" e "hydrogen" si son "verdaderos",(true), la orden "select" es equivalente a "select all". Véase también esquema de colores de grupo, que es afectada por el valor del parámetro hetero. El tema Hetero Atoms en el Menu de opciones de RasMol puede también ser usado para modificar el valor del parámetro hetero.
 
 

Set HourGlass
 

Syntax:  set hourglass <boolean

Este parámetro "set hourglass" sirve para que el usuario pueda activar o desactivar el uso del cursor "reloj de arena", utilizado por RasMol para indicar que el programa en esos momento está ocupado configurando el siguiente marco. La orden "set hourglass on" activa el indicador; mientras que "set hourglass off" impide a RasMol cambiar el cursor. Esto resulta especialmente útil al girar a molécula, ejecutar una secuencia de órdenes desde un fichero de texto (script) o al utilizar la comunicación entre procesos para ejecutar secuencias complejas de órdenes. En éste caso un cursor parpadeante podría distraer la atención.
 
 

Set Hydrogen
 

Syntax:  set hydrogen <boolean

Este parámetro "hydrogen" modifica el comportamiento por defecto de la orden "select", es decir el comportamiento de select sin ningún parámetro. Si este valor es "falso" (false), la región por defecto de select no incluye ningún átomo de hidrógeno o deuterio (sino que se refiere al grupo predefinido "hidrógeno" -hydrogen-). Si el valor del es "verdadero" ("true"), la región por defecto de select puede contener átomos de hidrógeno. Este parámetro es parecido a "hetero" que determina si los átomos heterogéneos deberían ser incluidos en el grupo inicial. Si el valor de los dos parámetros (hydrogen y hetero) es verdadero, select equivale a select all.
 
 

Set Kinemage
 

Syntax:  set kinemage <boolean

La orden de RasMol "set kinemage" controla la cantidad de detalles almacenados en un archivo de salida Kinemage, creado por la orden "write kinemage". Los archivos de salida kinemage están pensados para que el programa Mage de David Richardson los visualice. La orden preestablecida "Set kinemage false" sólo almacena en el archivo de salida de datos generados en la representación que está siendo visualizada en ese momento. La orden "set kinemage true" genera un Kinemage más complejo que contiene tanto las representaciones de alambre y de backbone, como los ejes coordinados, la caja de unitaria y la célula de unidad de cristal.
 
 

Set Menus
 

Syntax:  set menus <boolean

La orden "set menus" activa la barra o botones del menú sobre el fondo de la pantalla. Por lo general, únicamente hacen uso de esta orden los Interfaces Gráficos de Usuario. En Microsoft Windows, esta orden se utiliza para crear imágenes lo más grandes posibles.
 
 

Set Monitor
 

Syntax:  set monitor on
         set monitor off

Las etiquetas de monitor a distancia "distance monitor labels" pueden ser anuladas con la orden "set monitors off", y restablecidas con la orden "set monitors on".
 
 

Set Picking
 

Syntax:  set picking on
set picking off
set picking none
set picking ident
set picking distance
set picking monitor
set picking angle
set picking torsion
set picking label
set picking centre

La serie de órdenes "set picking" actúa modificando la forma en que un usuario interacciona con una molécula visualizada en la pantalla de Rasmol.
 

Activar o Desactivar Atom Picking.

Al dar Click sobre un átomo con el ratón produce la identificación y visualización del nombre del grupo (o residuo), número del grupo, nombre del átomo, número de serie del átomo y cadena en la ventana de órdenes. Esta conducta se desactiva con la orden "set picking none" y se restaura con "set picking ident". Desactivar el picado usando "set picking off" es útil cuando efectuamos una pausa con la orden pause en los script de RasMol ya que previene la aparición de mensajes en la ventana de comandos mientras el script esta suspendido.
Medir Distancias, Angulos y Torsiones.

Se pueden medir interactivamente distancias, ángulos y torsiones usando los comandos "set picking distance", "set picking monitor", "set picking angle" y "set picking torsion" respectivamente.

En estos modos, hacer click sobre un átomo resulta en que esta sea identificado. Además cada átomo picado incrementa un módulo contador tal que en modo de distancia se visualiza la distancia entre ese y un segundo átomo, y siempre así. En modo angular, cada tercer ángulo picado visualiza el ángulo entre los tres átomos picados anteriormente, y en modo torsión cada cuarto ángulo marcado produce la visualización del ángulo de torsión entre los cuatro. Pulsando la tecla de desplazamiento (shift) mientras picamos sobre un átomo, este módulo contador no se incrementa, por lo que podemos medir distancias de otra forma.
 

Marcar átomos con el ratón.

El ratón puede ser usado también para obtener información en forma de etiqueta de un átomo dado. La orden de RasMol "set picking label" elimina la etiqueta de un átomo picado si la tenía, o la visualiza sino la tenía.
 

Definir el Centro de Rotación con el ratón.

Una molécula puede ser centrada sobre el átomo especificado usando  "set picking centre" o "set picking center". En este modo,  al hacer click sobre un átomo hace que todas las rotaciones sean alrededor de ese punto.
 
 

Set Radius
 

Syntax:  set radius {<value}

La orden de RasMol "set radius" se utiliza para alterar el comportamiento de la orden "dots" dependiente del valor del parámetro "solvent". Cuando el parámetro "solvent" es verdadero (true), el parámetro "set radius" controla la posibilidad de que la orden "dots" genere una superficie Van der Waal verdadera. Si el valor de "radius" no es cero, éste se utiliza como el radio de cada átomo en lugar de su valor VdW verdadero. Cuando el valor de "solvent" es verdadero (true), este parámetro determina el radio para el disolvente de "la esfera de prueba" (`probe sphere'). El parámetro se puede especificar en unidades rasmol enteras o en decimales en unidades angstróms. El valor por defecto de este parámetro es determinado por el valor de "solvent"; y cambiando "solvent" se restablece radius en su nuevo valor inicial.
 
 

Set Shadow
 

Syntax:  set shadow <boolean

La orden de RasMol "set shadow" activa y desactiva el trazado de radios de la imagen representada. Hasta ahora, sólo la representación "Spacefill" puede ser sombreada o emitir sombras. La capacidad de emisión de sombras desactivará automáticamente el plano que corta el eje Z utilizando la orden "slab off". El trazado de radios dura aproximadamente 10 segundos en un proteína de tamaño medio. Se recomienda que el proceso de sombrear sea desactivado mientras que se manipula o transforma la molécula y que se active únicamente una vez que se haya  seleccionado un perspectiva apropiada, con el fin de proporcionar una mayor sensación de profundidad.
 
 

Set SlabMode
 

Syntax:  set slabmode <slabmode

El parámetro de RasMol "slabmode" controla el método de representación de los objetos cortados por el plano que corta el eje Z. Solo la representación de "spacefill" permite visualizar en modo "slab". Las representaciones de "bonds", "cartoons", "ribbons" y "strands" no son susceptibles de visualizarse en modo "slab".

Los Parámetros válidos de "slabmode" son "reject" (por defecto para bonds y cartoons), half, hollow, solid (por defecto para átomos en spacefill), y "section".

Reject:
Todos los átomos y enlaces se visualizan conjuntamente. Los átomos o enlaces cortados por el plano z se ocultan por completo. Cartoons, ribbons, y strands se cortan en o cerca del plano z. Esta es la forma inevitable de presentación de todo excepto los átomos representados en spacefill.
 

Half:
Solo las mitades frontales de los átomos representados en spacefill que sean cortados por el plano z se visualizan, presentándose como una superficie lisa esférica.
 

Hollow:
Los átomos en spacefill que son cortados por el plano de slab se visualizan como una superficie esférica hueca con la porción frontal al plano de corte oculta. Así puede verse a través de estos átomos los átomos de atrás.
 

Solid:
Los átomos representados en spacefill que cortan el plano Z se presentan como esferas sólidas con una superficie cortada y lisa (como si se hubieran cortado con una navaja). Esta es la forma por defecto.
 

Section:
Solo las superficies de corte de los átomos en spacefill cortados por el plano se visualizan. Todos los átomos por detrás o por delante de dicho plano se ocultan. La imagen es un plano de grosor cero paralelo a la pantalla.

No hay modo de "slab" en RasMol que visualice un autentico slab, es decir, una sección de grosor constante distinto de cero. Tales planos de corte son definidos por dos planos sucesivos de corte. Cualquier cosa por detrás del plano de corte, o por delante del plano frontal, está oculta.
 
 

Set Solvent
 

Syntax:  set solvent <boolean

La orden de RasMol "set solvent" controla el comportamiento de la orden "dots", dependiendo del valor del parámetro solvent, la orden "dots" genera bien una superficie Van der Waal o una superficie accesible al soluto alrededor del grupo de átomos seleccionados. Al cambiar este parámetro se reasigna el valor del parámetro "radius". La orden "set solvent false", indica que deberíamos generar una superficie VdW y restablecer el valor de radius a cero. La orden "set solvent true" indica que un disolvente accesible a la superficie de "Connolly" o "Richards" debería ser dibujado y establecer el parámetro radius, el radio disolvente, a 1, 2 angstróms (o 300 unidades rasmol).
 
 

Set Specular
 

Syntax:  set specular <boolean

La orden de RasMol "set specular" activa y desactiva la visualización de reflejos luminosos sobre aquellos objetos opacos dibujados por RasMol. Los haces de luces especulares aparecen como reflejos blancos de la fuente de luz sobre la superficie del objeto. La aplicación actual de RasMol utiliza una función de aproximación para generar este haz de luz. El coeficiente de reflexión especular puede alterar los haces de luces especulares sobre la superficie de objetos opacos; dicho coeficiente se puede modificar con la orden "set specpower".
 
 

Set SpecPower
 

Syntax:  set specpower {<value}

El parámetro "set specpower" determina el brillo de los objetos sólidos representados por RasMol. Este valor, entre 0 y 100, ajusta el coeficiente de reflexión utilizado en los cálculos de haces de luces especulares. La orden "set specular" activa y desactiva estos haces de luces especulares. Los valores comprendidos entre 20 y 30 dan lugar a superficies con apariencia de plástico. Los valores altos (20 o 30) crean superficies más brillantes, como metales; mientras que los más bajos producen superficies más difusas u oscuras.
 
 

Set Ssbonds
 

Syntax:  set ssbonds backbone
         set ssbonds sidechain

El parámetro de RasMol "set ssbonds" determina si se dibujan los puentes de disulfuro entre los átomos de azufre de la cadena lateral (lo preestablecido) o entre los átomos de carbono alfa en el eje de los residuos de cisteína. La orden "ssbonds" controla la visualización actual de puentes de disulfuro. El dibujar puentes de disulfuro entre los carbonos alfas resulta útil cuando el resto de la proteína aparece representada esquemáticamente en "eje" (backbone) ,"cintas" (ribbons), o "filamentos" (strands). Este parámetro es parecido a "hbonds".
 
 

Set Stereo
 

Syntax:  set stereo on
         set stereo off
         set stereo <boolean

El parámetro de RasMol "set stereo" controla la separación entre las imágenes izquierda y derecha. Activar y desactivar "set stereo" no reposiciona el centro de la molécula. El ángulo de separación entre las dos vistas puede ser ajustado con la orden "set stereo [-] <number", donde los valores positivos representan visión relajada y negativos ojos cruzados. Actualmente, la visión stereo no está implementada para los archivos de salida "vector PostScript".
 
 

Set Strands
 

Syntax:  set strands {<value}

El parámetro de RasMol "set strands" controla el número de filamentos paralelos que se visualizan en las representaciones en "cintas" ("ribbons") de las proteínas. Los valores permitidos para este parámetro son 1, 2, 3, 4, 5 y 9. El valor inicial es 5. En todas las cintas visualizadas, el número de filamentos es constante. No obstante, la anchura de la cinta (la separación entre los filamentos) sobre un residuo se puede controlar a través de una base de residuo con el comando "ribbons".
 
 

Set Transparent
 

Syntax:  set transparent on
         set transparent off

La orden de RasMol "write gif <nombre de archivo" permite la generación de imágenes transparentes GIF. Se puede controlar con los comandos "set transparent on" y "set transparent off".
 
 

Set UnitCell
 

Syntax:  set unitcell <boolean

El parámetro "set unitcell" controla la visualización de la célula unidad cristalográfica. La célula de cristal se activa únicamente si la información apropiada sobre la simetría de cristal se encuentra en el archivo PDB. La orden "show symmetry" visualiza detalles de los grupos espaciales y los ejes de las células de unidad cristalográfica. La orden "set unitcell" es parecida a las órdenes "set axes" y "set boundbox" que visualizan ejes coordinados ortogonales y la caja de unión respectivamente.
 
 

Set VectPS
 

Syntax:  set vectps <boolean

El parámetro "set vectps" controla la forma en que la orden "write" genera archivos de salida vectoriales . La orden "set vectps on" activa el uso de perfiles negros alrededor de las esferas y enlaces de cilindro con lo cual se produce un resultado de alta resolución, similar al conseguido en los "dibujos animados". No obstante, la actual aplicación de RasMol ilustra incorrectamente esferas interceptadas, a su vez, por más de una esfera. Por lo tanto, los modelos "ball and stick" son representados correctamente pero no los modelos de esferas spacefilling. El comando "set vectps off" desactiva, por defecto, los perfiles negros.
 
 

Set Write
 

Syntax:  set write <boolean

La orden de RasMol "set write" activa (y desactiva) el uso de "save" y "write" en los guiones (scripts), pero solo puede ser ejecutada desde la línea de comandos. Por defecto, su valor es false, prohibiendo la producción de archivos en cualquier script ejecutado al arrancar (como aquellos cargados de un navegante WWW como Mosaic o NetScape). Sin embargo, se puede arrancar RasMol interactivamente, escribiendo "set write" on y entonces ejecutar el script para generar cada marco usando el comando "source".
 
 


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