Guia para la Creación de Scripts

Un archivo Script es un tipo de archivo de RasMol que contiene un conjunto definido de comandos que se realizan sobre una molécula en particular, de modo que al ejecutar el Script se observan secuencialmente los cambios provocados en dicha molécula de la misma manera en que se observarían si se ejecutara cada orden por separado desde la Línea de Comandos. Por lo tanto un archivo Script contiene una serie de transformaciones sucesivas, que se realizan con el fin de  visualizar una característica o propiedad particular de la molécula en cuestión.

Antes de iniciar la creación o edición de un script, es conveniente destinar una carpeta de archivos diferente, la cual debe contener los archivos pdb que se van a utilizar durante el script y una copia del programa
RasMol rw32b2a.

A medida que se vayan generando todos los archivos de comandos de tipo  ".top", ".scr" o ".spt"  que conforman el script, estos se irán guardando en esta misma carpeta.
 
 
 

Componentes de un Script
 

En general, un archivo Script está conformado por varios "script pequeños" que contienen un número limitado de comandos para facilitar su edición y ejecución. Estos archivos pueden generarse mediante un editor de texto normal como el "BLOC DE NOTAS" de Windows, guardando los archivos con las extensiones "top", ".scr" o ".spt".

Inicialmente se construye un archivo de alto nivel o archivo "top" sobre el cual se definen las diferentes partes que conforman el script principal y su orden durante la ejecución. Este archivo ".top" generalmente inicia con los archivos que ejecutan los títulos y la información sobre los autores y luego con los archivos scripts más pequeños que permiten visualizar transformaciones sucesivas sobre una molécula determinada.

Tanto en estos archivos "top"como en los "scr" es posible introducir comentarios mediante el símbolo "#" seguido por una línea de texto, estos comentarios no son tenidos en cuenta durante la ejecución del script, simplemente permiten ubicar pasos durante el script para distinguir o separar diferentes representaciones y efectos logrados en la molécula de trabajo.

El script de la INSULINA al cual nos referiremos como ejemplo, se inicia con el archivo "insu.top", cuya estructura es:

zap
script "setup.top"
script "insutitl.scr"    # presentacion
script "insua.scr"       # descripcion general, representaciones, cadenas,
script "insub.scr"       # puentes disulfuro
script "insuc.scr"       # estructura secundaria alpha-turns
script "insud.scr"       # sintesis insulina-proinsulina
script "insue.scr"       # estructura actividad- mutaciones
script "website.scr"


Una vez que se utiliza el comando "script insu.top" desde la Línea de Comandos, RasMol ejecuta secuencialmente los script "setup.top","insutitl.scr", y así sucesivamente, hasta el archivo "website.scr" con el cual termina el script.
 
 

Creación de Títulos
 

Para la generación de títulos sobre la pantalla RasMol, se utiliza el archivo "list.pdb", este archivo contiene una lista de pseudoátomos dispuestos en una línea vertical, lo que permite generar diferentes filas en la pantalla, las cuales se marcan utilizando el comando "label" para introducir el texto deseado.

La estructura de estos archivos scripts de títulos, puede observarse y/o modificarse por medio de un editor de texto sencillo, como el Bloc de Notas de Windows, por ejemplo, abriendo el archivo "insutitl.scr" ubicado en la carpeta Insulina.
 
 

Estructuración del Script
 

Dentro del archivo "top", es conveniente denominar en orden alfabético o numérico los scripts que contienen pasos o secuencias de comandos más cortas a fin de facilitar su edición y de identificar su orden dentro del script general. Es posible que cada uno de los scripts mencionados en el archivo "top" resulten muy largos por lo que también estos archivos pueden subdividirse en scripts aún más pequeños, manteniendo una secuencia lógica, observemos como ejemplo la estructura del script "insua.scr",

 
script insuaa.scr  # introduccion
pause
script insuab.scr  # tipos de representación cadena a
pause
script insuac.scr  # puentes disulfuro
pause


Dividir el script general en script más cortos no solamente facilita su revisión y edición sino que también hace posible que este pueda ser ejecutado parcialmente, es decir que puede dividirse y presentarse por capítulos de acuerdo con las necesidades del usuario. Para ello simplemente se antepone el símbolo "#"al archivo ".scr" que no se quiere ejecutar, de modo que este es considerado como un comentario más dentro del script, luego cuando sea conveniente se retira este símbolo y el archivo se ejecuta normalmente.

De igual manera es posible cambiar, en forma lógica, el orden de los scripts pequeños, de acuerdo con el tema que se quiera mostrar de la molécula en cuestión.
 
 

Creación de Scripts
 

El primer archivo script "insuaa.scr"que contiene comandos sobre la molécula de Insulina carga el archivo pdb de la Insulina, luego se utilizando un editor de texto como el BLOC DE NOTAS  de Windows se escriben los diferentes comandos del script en forma secuencial, manteniendo la sintaxis adecuada para cada uno de los comandos. Al terminar de digitar los comandos del script el archivo se guarda  "<nombre del archivo.scr", con la extensión ".scr" para el caso del ejemplo se usa la orden:

Guardar como  insuaa.scr
Recuerde guardar el archivo en la carpeta destinada para el script de la Insulina

Este es el archivo "insua.scr", del script de la Insulina
 

zap
set hourglass on
load "9ins.pdb"
translate y 0
translate x 0
echo
echo       INSULINA
echo
wireframe off
spacefill
script x90-2.scr
script clrleg.scr
# descripcion general
echo
echo La INSULINA es un proteina simple que contiene dos cadenas
echo polipeptidicas A y B
echo
script y90-2.scr
script clrleg.scr
echo
echo La Cadena A (azul) conformada por 21 aminoacidos y
echo la Cadena B (verde) conformada por 30 aminoacidos se mantienen
echo unidas mediante enlaces disulfuro (no mostrados).
echo
color chain
script y90-2.scr
spacefill 0.8
wireframe 0.6
script y3.scr
pause

 

Recomendaciones Generales
 

Cuando se está construyendo un script, frecuentemente se requiere ejecutar el archivo "scr" con el fin de observar el efecto que se va produciendo sobre una molécula a medida que se van agregando o modificando los comandos del script, sin embargo cuando el "script principal" se hace demasiado largo el procedimiento resulta engorroso. Una solución es terminar anticipadamente la ejecución del script, durante alguna pausa tecleando "Control+D", también se recomienda disminuir el tamaño de la Ventana Rasmol, con lo que se consigue incrementar la velocidad de la ejecución total mientras se corrigen los errores del script.

En el caso de que el script a evaluar trabaje con diferentes archivos pdb, la situación es mucho más simple, ya que solo se trata de ejecutar el archivo "scr" particular, sin necesitar del script completo. Sin embargo la mayoría de scripts se encuentran estructurados de forma que cada Script continua utilizando la imagen pdb que pertenece al archivo anterior, tal como ocurre en el archivo "insua.scr", para este tipo de archivos la solución es ejecutar el primer script que carga la molécula, en este caso "insuaa.scr"

RasMol  script insuaa.scr


Al terminar la ejecución, se obtiene la ultima imagen de este archivo y se guarda como un archivo "insuaaz.scr",

 RasMol save script insuaaz.scr (Z significa final del guión)


Este script establece la imagen inicial para el script "insuab.scr", así que cuando se quiera observar la secuencia del archivo "insuab.scr", se ejecutara el script insuaaz.scr para establecer la imagen inicial y luego el script "insuab.scr", sin necesidad de ejecutar los scripts anteriores, con lo que seguramente se ahorrará bastante tiempo, por supuesto estos archivos Z no forman parte del script final.
 
 

Scripts Generales
 

En la creación y edición de scripts, es útil emplear algunos scripts que pueden ejecutarse sobre cualquier molécula, y que sirven para realizar rotaciones, pausas y/o acercamientos de la imagen de la molécula que se ha logrado gracias a los comandos típicos del RasMol. Estos script no inician cargando ninguna molécula por lo que los comandos que contienen trabajan sobre la molécula que se ha cargado inicialmente.

Algunos ejemplos de estos "scripts generales" son:

"Y90-2.scr"

Rota la molécula 90 grados alrededor del eje y, con incrementos sucesivos de 2 grados.
"wave.scr"
Rota la molécula 15 grados alrededor del eje X y luego la retrocede a su punto inicial.
"delay0.scr"
Rota la molécula 360 grados alrededor del eje X, de modo que no introduce ningún cambio en la imagen, pero permite introducir una "demora" en la ejecución del script.
"z1020.scr"
Acerca la imagen de molécula desde un zoom de 100 hasta uno de 200, con incrementos sucesivos del 5% del tamaño inicial.
"clrleg.scr"
Permite observar en blanco la pantalla de la línea de comandos. Con este script, las líneas de texto asignadas mediante el comando "echo", se visualizan en el extremo superior de la pantalla de la Línea de Comandos, de forma que los textos se  observan completamente y sin cortes.
"colhyd.scr"
Aplica un esquema de colores de acuerdo con la polaridad, carga o hidrofobicidad de los aminoácidos, de la molécula de trabajo.


Utilizando el Bloc de Notas de Windows, es posible abrir estos archivos, observar y/o modificar las secuencia de comandos que contienen estos scripts generales. Para utilizar cualquiera de estos "scripts generales" dentro del "script principal", es necesario tenerlos copiados dentro de la carpeta de archivos destinada para el nuevo script, en este caso la Carpeta Insulina.
 
 

Interacción con el Usuario
 

Durante la ejecución de un script el usuario puede interactuar con la imagen en cada pausa del script, bien sea mediante las barras de desplazamiento de la ventana RasMol o con el botón izquierdo del mouse. Sin embargo el cambio en la posición de la molécula puede provocar que las siguientes secciones del script no muestren los aspectos que se querían resaltar. La única solución es generar un archivo "scr" que permita garantizar la correcta ubicación de la molécula en la pantalla y que este archivo sea llamado luego de cada pausa.

Un ejemplo de estos archivos de ubicación se encuentra en el Script del DNA, en la carpeta DNA se llama "resetap.scr" durante la ejecución de este script usted puede rotar la molécula en cada pausa y observar como esta regresa a su posición inicial antes de continuar ejecutando es script.
 
 


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