En el caso de proteínas, RasMol permite seleccionar residuos de acuerdo con sus propiedades de carga, tamaño, cadenas laterales, comportamiento químico y ubicación dentro de la proteína. De igual forma, es posible seleccionar secciones de la cadena peptídica de acuerdo con la estructura secundaría en a-hélices, Hojas Plegadas-b y sus segmentos de unión "Turns". Para ácidos nucléicos, los grupos predefinidos permiten discriminar pares de bases AT, CG, purínicas y pirimídinicas; y así mismo seleccionar Heteroátomos, ligandos y moléculas de agua asociadas a la molécula de estudio.

A continuación una descripción de cada uno de los grupos predefinidos.
 
 

AT Set

Este grupo contiene los átomos los nucleótidos de Adenosina y de Timidina (A y T). Todos los nucleótidos son clasificados bien como del grupo AT, o bien, como del grupo CG. Este grupo es equivalente a las expresiones de átomos de RasMol "a,t" y "nucleic and not cg".
 
 

Acidic Set

Este es el grupo de los aminoácidos ácidos; son los tipos de residuos Asp y Glu. Todos los aminoácidos se clasifican como acidic (ácido), basic (básico) o neutral (neutro). Este grupo es equivalente a las expresiones de átomos RasMol "asp, glu" y "amino and not (basic or neutral)".
 
 

Acyclic Set

Se refiere al grupo de aminoácidos que no contienen un ciclo o anillo. Los aminoácidos son clasificados como cyclic o acyclic. Este grupo es equivalente a la expresión de átomo RasMol "amino and not cyclic".
 
 

Aliphatic Set

Este es el conjunto de los aminoácidos alifáticos. Es decir Ala, Gly, Ile, Leu y Val. Este set es equivalente a la expresión atómica de RasMol "ala, gly, ile, leu, val".
 
 

Alpha Set

Es el conjunto de los carbonos alfa en la molécula de la proteína. Equivale aproximadamente a la expresión atómica de RasMol "*.CA" Este comando no debe ser confundido con el conjunto predefinido "helix" que contiene los átomos de los aminoácidos en las alfa hélices.
 
 

Amino Set

Este conjunto contiene todos los átomos de todos los residuos aminoácidos. Es útil para distinguir la proteína de los ácidos nucleicos y los átomos heterogéneos en los datos de la molécula activa.
 
 

Aromatic Set

Se refiere al grupo de átomos en los aminoácidos que contienen anillos aromáticos. Son los siguientes: His, Phe, Trp y Tyr. Al tener anillos aromáticos, todos los miembros de este grupo pertenecen al grupo predefinido "cyclic". Este grupo equivale a la expresión de átomo RasMol "his, phe, trp, tyr" y "cyclic and not pro".
 
 

Backbone Set

Este grupo contiene los cuatro átomos de cada aminoácido que forman el enlace peptídico de las proteínas y los átomos del eje de fosfoazúcar de los ácidos nucléicos. Los grupos predefinidos RasMol "protein" y "nucleic" diferencian entre los dos posibles ejes. Los átomos en los ácidos nucléicos y en las proteínas son "backbone" ó "sidechain". Este grupo es equivalente a la expresión de átomo RasMol "(protein or nucleic) and not sidechain". El grupo predefinido "mainchain" es sinónimo del grupo "backbone".
 
 

Basic Set

Es el conjunto de los aminoácidos básicos, es decir los residuos de Arg, His and Lys. Todos los aminoácidos se clasifican como "acidic" (ácidos),"basic" (básicos) o "neutral" (neutros). Este conjunto es equivalente e las expresiones atómicas de RasMol "arg, his, lys" y "amino and not (acidic or neutral)".
 
 

Bonded Set

Este grupo contiene todos los átomos de la molécula en uso que están unidos, al menos, a otro átomo.
 
 

Buried Set

Este conjunto contiene a los átomos de aquellos aminoácidos que tienden a estar incluidos en el interior de la proteína, lejos del contacto con las moléculas del solvente. Este conjunto se refiere a la preferencia de los aminoácidos, y no a su situación en la molécula concreta. Todos los aminoácidos son así clasificados en "surface" ó "buried". Este conjunto es equivalente a la expresión atómica de RasMol "amino and not surface", ó "ala, leu, val, ile, phe, cys, met, trp", ó "(hydrophobic and not pro) or cys".
 
 

CG Set

Este conjunto contiene los átomos presentes en los nucleótidos Citosina y Guanina  (C y G). Todos los nucleótidos se clasifican como conjunto "AT" o conjunto "CG". Este grupo es equivalente a las expresiones atómicas de RasMol "c,g" y "nucleic and not at" .
 
 

Charged Set

Este conjunto contiene a los aminoácidos con carga. Estos aminoácidos pueden ser "acidic" (ácidos) ó "basic" (básicos). Los aminoácidos resultan clasificados en "charged" (cargados) o "neutral" (neutros). Este conjunto es equivalente a las expresiones atómicas de RasMol "acidic or basic" y "amino and not neutral" .
 
 

Cyclic Set

El conjunto de los átomos de los aminoácidos que contienen anillos o ciclos. Todos los aminoácidos se clasifican en "cyclic" (cíclicos) o acyclic (acíclicos). Este grupo consta de los aminoácidos His, Phe, Pro, Trp and Tyr. Los miembros del conjunto predefinido "aromatic" (aromáticos) son miembros de este conjunto. El único cíclico y no aromático es prolina. Este grupo es equivalente a la expresiones atómicas de RasMol "his, phe, pro, trp, tyr", "aromatic or pro" y "amino and not acyclic" .
 
 

Cystine Set

Este grupo contiene los átomos de residuos de cisteínas que forman parte de un puente de disulfuro, i. e., semi cisteinas. RasMol determina automáticamente puentes de disulfuro en caso de que ni el grupo predefinido "cystine", ni la orden "ssbonds" se hayan utilizado desde que se cargó la molécula. El grupo de cisteinas libres puede ser definido con la expresión de átomo RasMol "cys and not cystine".
 
 

Helix Set

Este grupo contiene todos los átomos que forman parte de una alfa hélice de proteína como determinan el autor del archivo PDB o el algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Por defecto, RasMol utiliza la determinación de estructura secundaria dada en el archivo PDB, si existe. De otra manera, utiliza el algoritmo DSSP como lo hace la orden "structure". Este grupo predefinido no debe ser confundido con el grupo predefinido "alpha" que contiene los átomos de carbonos alfas de una proteína.
 
 

Hetero Set

Este grupo contiene todos los átomos heterogéneos de la molécula. Son los átomos descritos bajo la entrada HETATM en el archivo PDB. Normalmente incluye agua y otros disolventes, cofactores y ligandos. Todos los átomos "hetero" son clasificados como "ligand" (ligandos) o "solvent" (disolvente). Estos átomos heterogéneos "solvent" (disolvente) son más tarde clasificados como "water" (agua) o "ions" (iones).
 
 

Hydrogen Set

Este grupo predefinido incluye todos los átomos de hidrógeno y deuterio de la molécula con la que trabajamos. Es equivalente a la expresión de átomo RasMol "elemno=1".
 
 

Hydrophobic Set

Este grupo está compuesto de todos los aminoácidos hidrófobos, a saber, Ala, Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met y Trp. A los aminoácidos se les clasifica como "hydrophobic" (hidrófobos) o "polar" (polares). Este grupo equivale a las siguientes expresiones de átomos RasMol: "ala, leu, val, ile, pro, phe, met, trp" y "amino and not polar".
 
 

Ions Set

Este grupo incluye todos los fosfatos heterogéneos e iones de sulfatos del archivo de datos sobre moléculas con el que trabajamos. En ocasiones, un gran número de estos iones son asociados con estructuras de proteínas y ácidos nucléicos determinados por cristalografía de rayos X. Estos átomos tienden a rellenar desordenadamente una imagen. Los átomos "hetero" son clasificados como átomos "ligand" (ligando) o "solvent" (solvente); a su vez, todos los átomos "solvent" son clasificados como "water" (agua) o "ions" (iones).
 
 

Large Set

Todos los aminoácidos son clasificados como "small" (pequeños), "medium" (medios) o "large" (grandes). Este grupo equivale a la expresión de átomo RasMol "amino and not (small or medium)".
 
 

Ligand Set

Este grupo contiene todos los cofactores heterogéneos y semi ligandos que se encuentran en el archivo de datos sobre moléculas con el que trabajamos. En este grupo, todos los átomos que no son "solvent " (disolvente) pasan a ser "hetero". De esta manera, este grupo equivale a la expresión de átomo RasMol "hetero and not solvent".
 
 

Medium Set

Todos los aminoácidos son clasificados como "small" (pequeños), "medium" (medios) o "large". (grandes). Este grupo equivale a la expresión de átomos "amino and not (large or small)", o "val, thr, asp, asn, pro, cys".
 
 

Neutral Set

Se refiere al grupo de los aminoácidos neutros. Todos los aminoácidos son clasificados como "acidic" (ácidos), "basic" (básicos) o "neutral" (neutros). Este grupo es equivalente a la expresión "amino and not (acidic or basic)".
 
 

Nucleic Set

Se refiere al grupo de todos los átomos en los ácidos nucléicos que está compuesto de los cuatro nucleótidos Adenina, Citosina, Guanina y Timina. Todos los nucleótidos se clasifican como "purine" (purina) o "pyrimidine" (pirimidina). Este grupo es equivalente a las expresiones de RasMol "a,c,g,t" y "purine or pyrimidine".
 
 

Polar Set

Este conjunto incluye a los aminoácidos polares. Los aminoácidos se clasifican en "hydrophobic" (hidrofóbicos) o "polar" (polares). Esta conjunto es equivalente a la expresión atómica de RasMol "amino and not hydrophobic".
 
 

Protein Set

El conjunto de todos los átomos de una o varias proteínas. Consta del grupo predefinido de RasMol
amino y las modificaciones post-tranduccionales más frecuentes.
 
 

Purine Set

El conjunto de los nucleótidos de purina. Son las bases Adenosina y Guanina. Todos los nucleótidos son bien "purines" (purinas) o "pyrimidines" (pirimidinas). Este conjunto es equivalente a las expresiones atómicas de RasMol "a,g" y "nucleic and not purine" .
 
 

Pyrimidine Set

Este es el grupo de los nucleótidos de pirimidina, es decir, las bases Citosina y Timina. Todos los nucleótidos son "purines" (purinas) o "pyrimidines" (pirimidinas). Este grupo equivale a las expresiones de átomos RasMol "c,t" y "nucleic and not pyrimidine".
 
 

Selected Set

Este grupo contiene el grupo de átomos seleccionado en un momento dado. La región seleccionada queda definida por las órdenes previas "select" o "restrict".
 
 

Sheet Set

Este grupo está compuesto de todos los átomos que forman parte de una hoja plegada en la proteína como aparece determinado tanto por el autor del fichero PDB o por el algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Por defecto, Rasmol utiliza la denominación de estructura secundaria dada en el fichero PDB, en el caso de que exista. De otra forma utiliza el algoritmo DSSP como lo hace la orden "structure".
 
 

Sidechain Set

Este grupo se compone de las cadenas laterales funcionales de cada aminoácido y de la base de cada nucleótido. Son precisamente los átomos que no forman parte del eje N-C-C-O del polipéptido o del de azucar-fosfato de los ácidos nucléicos. Los grupos RasMol predefinidos "protein" y "nucleic" sirven para distinguir entre las dos formas de cadenas laterales. Los átomos de los ácidos nucléicos y de las proteínas son, bien  "backbone" (eje) o "sidechain" (cadena lateral). Este grupo equivale a la expresión RasMol "(protein or nucleic) and not backbone".
 
 

Small Set

Todos los aminoácidos de clasifican en "small", "medium" o "large". Este Grupo es equivalente a las
expresiones atómicas de RasMol "amino and not (medium or large)" o "ala, gly, ser".
 
 

Solvent Set

Este grupo se compone de lo átomos disolventes del archivo coordinado de moléculas, es decir, moléculas de agua heterogéneas e iones de fosfato y sulfato. A todos los átomos "hetero" se les clasifica como átomos "ligand" (ligandos) o "solvent" (solvente); a su vez, a los átomos solubles se les clasifican como "water" (agua) o "ions" (iones). Este grupo equivale a las expresiones de átomo RasMol "hetero and not ligand" y "water or ions".
 
 

Surface Set

Este grupo se compone de aquellos átomos de aminoácidos que tienden a ubicarse en la superficie de las proteínas, en contacto con las moléculas de disolvente. Este grupo tiene que ver con la preferencia de los aminoácidos y no con la accesibilidad real del disolvente a la proteína en cuestión. A todos los aminoácidos se les clasifica como "surface" (superficie) o "buried" (enterrado). Este grupo equivale a la expresión de átomo RasMol "amino and not buried", "gly, ser, thr, lys, asp, asn, glu, pro, arg, gln, tyr, his" o "(polar and not cys) or pro".
 
 

Turn Set

Este grupo se compone de todos los átomos que forman parte de un giro de la proteína como queda determinado por el autor del fichero PDB o por el algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Por defecto, RasMol utiliza la determinación de estructura secundaria dada en el archivo PDB, si existe; de otra forma, utiliza el algoritmo DSSP como lo hace la orden "structure".
 
 

Water Set

Este grupo se compone de todas las moléculas heterogéneas de agua existentes en la base de datos con la que trabajamos. Un gran número de moléculas de agua aparecen, a veces, asociadas con estructuras de proteínas y ácidos nucléicos determinadas por cristalografía de rayos X. Estos átomos tienden a desordenar la imagen. A todos los átomos "hetero" se les clasifican como "ligand" (ligando) o "solvent" (disolvente); los átomos de disolvente (solvent) son clasificados luego como "water" (agua) o "ions"(iones).
 
 
 

RasMol y Chime