Expresiones Atómicas
Las expresiones de átomos RasMol identifican, arbitrariamente, un grupo de átomos dentro de una molécula, estas se componen de expresiones primitivas, conjuntos predefinidos, operadores de comparación, expresiones internas (within) y combinaciones lógicas (booleanas) de los tipos de expresiones antes mencionadas.
Los operadores lógicos hacen posible búsquedas complejas
a partir de búsquedas simples utilizando los conectores booleanos
estándares "and", "or" y "not", que pueden ser abreviados por los
siguientes símbolos: "&", "|", y "!", respectivamente.
Es conveniente utilizar una coma para la disyunción booleana. Para
cada átomo se evalúa la expresión de átomo,
por tanto "protein and backbone" selecciona átomos del eje de la
proteína, y, no los átomos de eje de proteínas y ácidos
nucléicos.
En el cuadro siguiente aparecen ejemplos útiles de expresiones
de átomos RasMol. Con "help
expressions" se obtiene la sintaxis adecuada para cada ejemplo.
Expresión | Interpretación |
cys hoh as? *120 *p *n.? cys. ser70.c hem*p.fe |
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Las expresiones primitivas de RasMol son los pilares fundamentales de las expresiones de átomos. Hay dos tipos de expresiones primitivas. El primero, sirve para identificar un Número del Residuo o un Intervalo de Residuos determinado. Un único residuo se identifica por su número (posición en la secuencia), mientras que el intervalo de la molécula de identifica por un límite superior y uno inferior separados por un guión.
Por ejemplo select 5,6,7,8 es lo mismo que select 5-8. De esta forma, se seleccionan los números de resíduos determinados en todas las cadenas de la macromolécula.
El segundo tipo de expresiones primitivas especifica una Secuencia de Campos que deben corresponder a un átomo dado. La primera parte especifica un residuo (o grupo de residuos) que consta de hasta tres caracteres alfabéticos, opcionalmente seguido de un número de residuo y/o un indicador de cadena, y una segunda parte opcional especifica los átomos dentro de esos resíduos. Un asterisco puede servir de comodín para un campo completo y un signo de interrogación de comodín para un único carácter. El comando "help examples" proporciona una lista de expresiones RasMol.
Las expresiones primitivas como "SER" y "ser" son equivalentes, identificando a los resíduos de serinas. Los nombres de residuos que contengan caracteres no alfabéticos, como por ejemplo grupos sulfato, pueden delimitarse con corchetes, esto es [SO4].
El Número de Residuo es la posición del residuo en la secuencia de la macromolécula, por ejemplo SER70. Se pueden usar números de secuencia negativos; se debe estar seguro, si se especifica tanto el nombre como el número, de que ambos se correspondan, en caso contrario no se seleccionará átomo alguno.
El Identificador de Cadena es típicamente un único carácter alfabético ó un carácter numérico. Los identificadores de cadena de tipo numérico deben separarse de los números de residuo e identificarse mediante un signo de dos puntos, por ejemplo SER70:A o SER70:1.
La segunda parte consta de un carácter seguido por un Nombre
de átomo. Un nombre de átomo puede constar de hasta
4 caracteres alfabéticos o numéricos. Se puede usar un asterisco
como un comodín para todo un campo, y una interrogación como
comodín para un solo carácter, por ejemplo SER70:A.c
Diferentes partes de una molécula pueden definirse usando operadores como igual, desigual y operadores de orden en sus propiedades. El formato de tal comparación es el nombre de la Propiedad, seguido del Operador de Comparación y a continuación un Número entero.
Las Propiedades del átomo que se pueden utilizar en RasMol son "atomno", para el número de serie del átomo, "elemno" para el número atómico del átomo (elemento), "resno", para el número de residuo, "radius", para el radio spacefill en unidades RasMol (o cero sino se representa como una esfera) y "temperature", para el valor anisótropo de temperatura en PDB.
Los Operadores Comparativos utilizados
son: "igualdad" indicado como "="
o como "==";"desigualdad"
indicado como "<",
"!=" o "/=";
"mayor que" y "menor que" indicados
como "" y "<"
respectivamente; "mayor o igual" y "menor
o igual" indicados como "=" y
"<="
respectivamente
Ejemplos:
Una expresión "within" permite seleccionar átomos en la proximidad de otros átomos. Esta expresión toma dos parámetros rodeados por un paréntesis. El primero es un valor entero llamado distancia de corte "cut-off" de la expresión en (within) y el segundo argumento es cualquier expresión atómica válida. La distancia de corte se representa como un entero en unidades Rasmol, o en angstróm conteniendo un número decimal. Un átomo es seleccionado si se encuentra en la distancia de corte de los átomos definidos en el segundo argumento. Esto permite expresiones complejas usando expresiones within anidadas.
Por ejemplo, la orden select within (3.2, backbone)
selecciona cualquier átomo en un radio de 3.2 angstroms a partir
de cualquier átomo en el esqueleto (backbone) de una proteína
o ácido nucleico. Las expresiones within son particularmente útiles
para seleccionar átomos alrededor de un sitio activo.
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