Comandos de RasMol






RasMol permite ejecutar comandos interactivos tecleados tras el inductor "RasMol" en la ventana de la línea de comandos. Las órdenes se dan siempre en líneas separadas. Se pueden utilizar tanto letras mayúsculas como minúsculas para los comandos, ya que es insensible a esta característica. Los espacios en blanco son ignorados excepto en aquellos casos en los que sirvan para separar las ordenes de sus argumentos.

A continuación presentamos una lista de los comandos y claves reconocidos actualmente por RasMol.
Para una información más detallada sobre cada una de las funciones de RasMol teclee "help <command".
 

Backbone
 

Sintaxis: backbone {<boolean}
backbone <valor
backbone dashes

La orden "backbone" de RasMol hace posible la representación del esqueleto del polipéptido, como una serie de enlaces, representados como cilindros,  que conectan los carbonos alfas adyacentes de cada aminoácido. En el caso de ácidos nucleicos, el comando "backbone" activa la representación del esqueleto de la molécula, como una serie de enlaces, en forma de cilindros,  que conectan  los grupos ribosa o desoxiribosa fosfato adyacentes de cada nucleótido.

La visualización de estos enlaces a lo largo del eje de la molécula se activa o desactiva con el parámetro de la orden; con la orden "backbone off" se desactivan los "enlaces" seleccionados y con "backbone on" o "backbone (valor)" se activan.
 

Visualizar la representación BACKBONE en  la proteína CRO
load "2cro.pdb"
backbone
wireframe off
backbone 0.5
color backbone blue

Este mismo efecto puede lograrse mediante el Menú de Herramientas en la Ventana Display.

El número puede ser utilizado para especificar en unidades angstróms o unidades de rasmol el radio del cilindro de la representación. Un valor de parámetro de 500 (2.0 angstróms) o mayor puede resultar en un error que aparecerá como "Valor del parámetro demasiado grande" (Parameter value too large). Los elementos de la representación se pueden colorear utilizando el comando de RasMol "colour backbone".
 
 
 

Background
 

Sintaxis:  background <colour

La orden de RasMol "background" selecciona el color de fondo en la ventana RasMol. El color puede ser determinado a través del nombre del color o por medio de componentes triples de Rojo, Verde y Azul (RGB) separados por comas y delimitados por corchetes. Al teclear la orden "help colours" se obtendrá una lista de los nombres de colores predefinidos y reconocidos por RasMol. Si se utiliza X Windows, RasMol es capaz de reconocer aquellos colores que se encuentran en la base de datos de nombres de colores del servidor X.
 
 

Cartoon
 

Sintaxis:  cartoon <number

La orden de RasMol "cartoon" permite la representación de la molécula en forma de cintas para permitir mostrar la representación de Richardson (MolScript). Actualmente se implementan como cintas delgadas. La forma más simple de obtener este tipo de representación es su uso desde el Menú de Herramientas en la ventana "Display".
 

Visualizar la estructura secundaría de la Inmunoglobulina G
load "Igdomain.pdb"
cartoon
wireframe off
cartoons   1.0
color structure

Cuando la orden es utilizada desde la línea de comandos, la representación se observa sobre aquellas regiones preseleccionadas de la molécula. Si no se específica ningún parámetro o valor luego del comando "cartoons", el ancho de las cintas tomará del tipo de estructura secundaria de la proteína. Por defecto, el extremo C-terminal de las hojas beta se representará como la cabeza de la flecha.
 
 

Centre
 

Sintaxis:  center {<expression}
                centre {<expression}

La orden "center" determina el punto alrededor del cual puede gira la molécula, bien sea mediante el comando "rotate" o mediante  las barras de desplazamiento en la Ventana de Gráficos Principal de RasMol. Cuando no se específica ningún parámetro, el comando "centre" toma el centro de gravedad de la molécula  o de los átomos preseleccionados como eje de rotación.
 

Cambiar el eje de rotación de la Tirosina y hacerla girar alrededor de un átomo de oxígeno
load "l-tyrosine.pdb"
rotate y 5
rotate x 5
select atomno=9
centre selected
spacefill 0.5
rotate y  90
rotate x  90

Si la expresión especifica un único átomo como eje de rotación, este átomo permanecerá "inmóvil" durante las rotaciones que se realicen sobre la molécula en cuestión.
 
 

Clipboard
 

Sintaxis:  clipboard

La orden de RasMol "clipboard" coloca la imagen representada en un determinado momento en "clipboard" de gráficos local. Esta orden aún no se puede utilizar con los sistemas UNIX o VMS; está ideada para hacer más fácil la transferencia de imágenes entre aplicaciones bajo Microsoft Windows o Apple Macintosh. Si se está operando con el programa RasMol sobre los sistemas UNIX y VMS, esta función se puede realizar generando una "raster image" en un formato que el programa receptor puede leer usando la orden de RasMol "write".
 
 

Colour
 

Sintaxis:  colour {<object} <colour
              color  {<object} <colour
              color  {<object} <[RGB triplet]

Esta orden sirve para colorear los átomos (u otros elementos) de la región seleccionada. El color puede ser determinado a través del nombre del color o de componentes triples de Rojo, Verde y Azul (RGB) separados por comas y delimitados por corchetes. Un triplete típico es [255,255,255] que representa el color blanco. Al teclear el comando "help colours" se obtendrá una lista de los nombres de colores predefinidos reconocidos por RasMol.

Los objetos permitidos para colorear son "atoms", "bonds", "backbone", "ribbons", "labels", "dots", "hbonds", y "ssbonds", si no se específica ningún objeto, por omisión, se adopta "átom".

Asignar color a una región (a-Hélices) de la proteína CRO.
load "2cro.pdb"
wireframe off
color magenta
backbone 0.5
select helix
ribbons
backbone off
color green

El comando "color" permite diferentes esquemas definidos como "cpk", "amino", "chain", "group", "shapely", "structure", "temperature", "charge", y "user". Este mismo efecto puede lograrse mediante el Menú de Herramientas en la Ventana Color.

Consulte el Manual de Rasmol : Sección Colores y Esquemas de Color
 
 
 

Connect
 

Sintaxis:  connect {<boolean}

La orden de RasMol "connect" obliga a RasMol a recalcular la conectividad de la molécula con la que estamos trabajando. Si el archivo original de entrada de datos contenía información sobre la conectividad, se descarta. La orden "connect false" utiliza un algoritmo heurístico muy rápido adecuado para determinar el enlace en grandes biomoléculas tales como proteínas o ácidos nucléicos. La orden "connect true" usa un algoritmo más lento pero más exacto basado en radios covalentes que es más apropiado para moléculas que contienen elementos inorgánicos o "anillos tensionados". Si no se introduce ningún parámetro, RasMol determina qué algoritmo utilizar tomando como base el número de átomos en el archivo. Una cantidad mayor que 255 átomos hace que RasMol utilice la ejecución más rápida. Este es el método aplicado para determinar el enlace, si es necesario, cuando una molécula es leída en primer lugar utilizando la orden "load".
 
 
 

Define
 

Sintaxis:  define <identifier <expression

La orden "define" permite al usuario asociar un grupo arbitrario de átomos con un identificador único. Esto hace posible la construcción de grupos definidos por el usuario. A estos grupos se les declara estáticamente, es decir, una vez definidos, el contenido de los grupos no cambian, incluso si la expresión que los define depende de las transformaciones llevadas a cabo en ese preciso momento o sí se modica la representación de la molécula.
 
 
 

Dots
 

Sintaxis:  dots {<boolean}
           dots <value

La orden "dots" se usa con el fin de generar una superficie de puntos Van der Waal alrededor de los átomos seleccionados en un determinado momento. Las superficies de puntos visualizan puntos a una distancia regular en una esfera de radio Van der Waals alrededor de cada átomo seleccionado. Aquellos puntos que estarían "enterrados" dentro del radio de Van der Waals de cualquier átomo (seleccionados o no) no se visualizan. La orden "dots on" borra cualquier superficie de puntos existentes y genera una superficie de puntos alrededor del conjunto de átomos actualmente seleccionados con una densidad de error de puntos de 100. El comando "dots off" borra cualquier superficie de puntos existente. Podemos especificar la densidad de puntos proporcionando un parámetro numérico entre 1 y 1000. Este valor corresponde aproximadamente al número de puntos que aparece en la superficie de un átomo de tamaño medio.

Por defecto, el color de cada punto en la superficie de puntos es el mismo que el del átomo que se encuentre más próximo a él en el momento de generar la superficie. Con la orden "colour dots" podemos cambiar el color de la superficie de puntos completa.
 
 
 

Echo
 

Sintaxis:  echo {<string}

La orden de RasMol "echo" se utiliza para visualizar un mensaje en la pantalla del terminal de RasMol. El parámetro de cadena puede ser opcionalmente delimitado en caracteres separados por comillas. Si no especificamos ningún parámetro, la orden echo visualiza una línea en blanco. Este comando es especialmente útil a la hora de visualizar un texto del archivo de un script de RasMol.
 
 
 

Exit
 

Sintaxis:  exit

El comando "exit" de RasMol se usa para terminar la ejecución de un script (volviendo a la línea de órdenes, o el script que lo había llamado).
 
 
 

HBonds
 

Sintaxis:  hbonds {<boolean}
           hbonds <value

La orden de RasMol "hbonds" se utiliza para representar los enlaces de hidrógeno del eje de la molécula. Esta información es particularmente útil para visualizar la estructura secundaría en proteínas. Los enlaces de hidrógenos se representan como líneas punteadas o cilindros entre los residuos donante y aceptante. La primera vez que se usa la orden "hbonds", el programa se encarga de buscar la estructura de la molécula con el fin de encontrar resíduos enlazados de hidrógenos y después de informar al usuario del número de enlaces. La orden "hbonds on"  visualiza los enlaces seleccionados como líneas punteadas y el comando "hbonds off" los desactiva.

Puentes de hidrógeno de un par de bases CG del ADN
load "dna5.pdb"
wireframe 0.2
spacefill 0.5
select purine and not backbone
color green
select pyrimidine and not backbone
color red
restrict resno=13,26
rotate x 90
hbonds 0.1

Para cambiar el color de los elementos del enlace hidrógeno se emplea el comando "colour hbonds". En principio, cada enlace hidrógeno es del color de los átomos conectados con él.
 
 
 

Help
 

Sintaxis:  help {<topic {<subtopic}}
               ? {<topic {<subtopic}}

La orden de RasMol "help" provee ayuda en línea (on-line) sobre un tema concreto.
 
 
 

Label
 

Sintaxis:  label {<string}
           label <boolean

El comando "Label" permite asignar y visualizar una línea de texto sobre uno o varios átomos seleccionados en la molécula de interés. Este comando contiene especificadores de expansión, que visualizan las propiedades del átomo al que se está etiquetando. Un especificador de expansión consiste en un carácter "%" seguido de un único carácter alfabético que especifica la propiedad que va a ser visualizada.

Los especificadores que pueden acompañar a comando "label" son
 

%a 
Nombre del átomo.
%b %t 
Factor B/temperatura.
%c %s 
Identificador de cadena.
%e 
Símbolo del elemento atómico.
%i 
Número serial del átomo.
%m 
Código de una letra del aminoácido.
%n 
Código de tres letras del aminoácido.
%r 
Número de resíduo.
Rotulación de los residuos que conforman el trapéptido B27pep4
load "B27pep4.pdb
wireframe 0.2
spacefill 0.4
color group
select atomno=1900
Label %n
select atomno=1907
Label %n
select atomno=1916
Label %n
select atomno=1924
Label %n
set fontsize 15

Los textos generados en la ventana del Rasmol pueden desactivarse con el comando "label off". La orden "colour label" hace posible el cambio de color del texto. Por defecto, el texto aparece con el mismo color que el del átomo al que está adjunto. Es posible cambiar el tamaño del texto visualizado con la orden "set fontsize".
 
 
 

Load
 

Sintaxis:  load {<format} <nombre de archivo
           load {<format} inline

Este comando carga un archivo de coordenadas moleculares en RasMol. Los formatos válidos son Brookhaven Protein Databank (PDB), Alchemy de Tripos Associates y Sybyl Mol2, Mol de Molecular Design Limited (MDL), Minnesota Supercomputer Centre's (MSC) XYZ (XMol) y CHARMm. También mopac (formato de archivo mopac; bien sea cartesiano o formato de z-matrix), nmrpdb (formato de archivo multi-pdb nmr). Si no se específica el formato, se asume que por defecto será pdb. Solo una molécula puede ser visualizada en un momento dado. Antes de cargar una nueva molécula hay que eliminar la anterior con la orden de RasMol "zap".

La orden "load" selecciona todos los átomos de la molécula, centrándola en la pantalla y produciendo un modelo coloreado (colores CPK) en el modelo de cilindros (wireframe).
 
 
 

Monitor
 

Sintaxis:  monitor <number  <number
           monitor {<boolean}

La orden "monitor" de RasMol permite activar la visualización de monitor de distancia. Un monitor de distancia es una línea discontinua entre un par cualquiera de átomos, opcionalmente etiquetado con la distancia que separa a ambos. La orden "monitor <número <número" añade tal monitor de distancia entre los dos átomos indicados por los números dados como parámetros.

Los monitores de distancia se desconectan con el comando *monitors off*. Por defecto, los monitores visualizan la distancia entre sus dos puntos extremos como una etiqueta en el centro del monitor. Estas etiquetas de distancia pueden ser desconectadas mediante la orden *set monitors off* y reactivados con *set monitors on*. Como muchas de las demás manifestaciones el color de un monitor se toma del color de sus extremos a menos que se especifique con la orden *colour monitors*.

Los monitores de distancia pueden ser añadidos a una molécula interactivamente, con el ratón, usando el comando *set picking monitor*. Haciendo click sobre un átomo produce su identificación en la línea de comandos. Además cada átomo picado produce un incremento de un módulo contador tal como el modo monitor y cada segundo átomo visualiza la distancia entre este y el picado previamente. La tecla de desplazamiento puede usarse para formar monitores de distancia entre el átomo fijado y distintas posiciones consecutivas. Un monitor de distancia puede también eliminarse seleccionando el par apropiado de átomos (los unidos en el monitor de distancia) una segunda vez.
 
 
 

Pause
 

Sintaxis:  pause

La orden "pause" de RasMol se usa para la edición de Scripts, este comando detiene momentáneamente la ejecución de las ordenes siguientes hasta que no se oprima cualquier tecla. Durante la pausa, RasMol permite la manipulación de la imagen usando el ratón y las barras de desplazamiento, también permite ajustar el tamaño de la Ventana de RasMol y de la Línea de Comandos.
 
 
 

Print
 

Sintaxis:  print

La orden de RasMol "print" envía la imagen actualmente visualizada a la impresora local, si no se especifica otra, utilizando el controlador original de la impresora del sistema operativo. Este comando todavía no se puede utilizar con los sistemas UNIX o VMS. Esta ideado para la utilización y aprovechamiento de los controladores de impresora de Microsoft Windows y Apple Macintosh. Así, por ejemplo, hace posible imprimir una imagen directamente en una impresora de matriz de puntos. Si utilizamos RasMol con los sistemas UNIX y VMS esta función se puede llevar a cabo creando un archivo PostScript con los comandos write ps o write vectps e imprimiéndolo posteriormente; o bien mediante la creación de un archivo de imágenes exportables y utilizando alguna herramienta para mandarlo a la impresora local.
 
 
 

Quit
 

Sintaxis:  quit

Salir del programa RasMol. El comando de RasMol "exit" tiene una función diferente.
 
 
 

Refresh
 

Sintaxis:  refresh

La orden de RasMol "refresh" se usa en archivos script para redibujar la imagen local. Este comando se utiliza principalmente en la creación de scripts de RasMol.
 
 
 

Reset
 

Sintaxis:  reset

La orden de RasMol "reset" restaura la transformación de la imagen original y el centro de la rotación. La escala se sitúa en su valor por defecto, zoom 100; el centro de rotación se sitúa en el centro geométrico de la molécula actualmente cargada.  Es importante no confundir éste con la orden de RasMol "zap", que borra la molécula almacenada actualmente, volviendo al estadio inicial del programa.
 
 
 

Restrict
 

Sintaxis:  restrict {<expression}
 

La orden de RasMol "restrict", permite definir y limitar una región de interés dentro de la molécula e igualmente desactivar cualquier tipo de representación en el resto de la molécula. Los comandos posteriores que se ejecutan desde la Línea de Comandos o desde la Barra de Herramientas en la ventana RasMol sólo modificarán la región definida inicialmente.

Visualización de los segmentos a-Hélice de la Triosa Fosfato Isomerasa
load "tim.pdb"
wireframe off
cartoons
restrict :a
color group
restrict helix
zoom 300
translate y -100
translate x - 10

Ribbons
 

Sintaxis:  ribbons {<boolean}
              ribbons <value
 

La orden de RasMol "ribbons" visualiza la proteína o ácido nucléico actualmente cargados como una superficie de "cintas" densa y lisa que pasa a lo largo del eje de la molécula, entre los carbonos alfa de los aminoácidos si se trata de una proteína ó entre los grupos pentosa-fosfato de los nucleótidos seleccionados si se trata de una ácido nucléico.

Podemos cambiar el color de la cinta con la orden de RasMol "colour ribbon". Si el color es none (ninguno), el preestablecido, por defecto la cinta toma el color de átomo que se encuentre a su misma altura.

El ancho de la cinta está determinado por la estructura secundaría definida en el archivo PDB. Para proteínas el ancho de las alfas hélices  y de las hojas plegadas beta es de 380 (1,52 angstróms) y de 100 (0,4 angstróms) respectivamente y  para los giros y las hélices al azar es de 100 (0,4 angstróms). Para los ácidos nucléicos, el ancho de la cinta tiene un valor constante de 720 (2,88 angstróms).

Visualización de las a-Hélice de la Mioglobina
load "1mbn.pdb"
backbone 0.2
select helix
ribbons
backbone off
color group

 
 
 

Rotate
 

Sintaxis:  rotate <axis {-} <value

Esta orden hace girar la molécula alrededor del eje especificado. Los valores permitidos para el eje son "x", "y" y "z". El parámetro entero establece en grados el ángulo que la estructura rotará. En el caso de los ejes X y Y, los valores positivos desplazan el punto más cercano hacia la derecha y hacia arriba, mientras que los valores negativos lo desplazan hacia la izquierda y hacia abajo. En cuanto al eje Z, una rotación positiva actúa en la dirección de las agujas del reloj y una negativa en sentido opuesto.
 
 
 

Save
 

Sintaxis:  save {pdb} <nombre de archivo
           save alchemy <nombre de archivo
           save mdl <nombre de archivo

Guarda el grupo de átomos seleccionados actualmente en un fichero Brookhaven Protein Database (PDB) o un archivo de formato Alchemy (tm). Si no se específica la extensión del archivo el comando "save" crea un archivo "PDB", mientras que el comando "write" genera una imagen "GIF".
 
 
 

Script
 

Sintaxis:  script <nombre de archivo

El comando de RasMol "script" lee un conjunto de órdenes RasMol secuencialmente a partir de un fichero de texto y los ejecuta. Ello permite ejecutar secuencialmente las órdenes que usamos, y efectuarlas con un único comando. Un archivo script puede contener un segundo comando llegando a una "profundidad" máxima de 10, lo que permite secuencias complicadas de acciones a ejecutar.

La forma más común de crear un archivo script de RasMol es por medio de las órdenes "write script" ó "write rasmol" con el fin de producir la secuencia de órdenes que se necesitan para volver a generar la imagen actual, la representación y los colores de la molécula visualizada en ese momento. Tales ficheros generados automáticamente producen solo una imagen.

Se pueden, también, crear archivos script de RasMol manualmente con un editor de texto. Tales archivos de script, con el uso de "pause" y "refresh", pueden producir "animaciones moleculares". La explicación de la forma de realizar y editar estos archivos "script" en el Manual de RasMol

Sección Guía para la Creación de Scripts
 
 

Ejecución de un script de RasMol
En el explorador de Windows ubíquese dentro de la carpeta que contiene el script  que desea ejecutar,
Haga click sobre el Icono rw32b2a. Divida su pantalla entre la ventana RasMol y la Línea de Comandos
y sobre esta escriba el comando:
RasMol> script (nombre de archivo).top

 

Select
 

Sintaxis:  select {<expression}

Define una parte de la molécula sobre la cual se va a realizar alguna modificación; en lo sucesivo, todos los tipos de representación y colores asignados mediante comandos ó por la barra de herramientas en la ventana de RasMol afectarán únicamente a la región seleccionada.

Con el comando "select" es posible discriminar átomos, grupos, regiones específicas o cadenas completas dentro de una macromolécula.´La explicación detallada de todas las expresiones y definiciones de las regiones de una molécula en el Manual de RasMol

Sección Expresiones Atómicas
Sección Grupos Predefinidos
 
 
 

Set
 

Sintaxis:  set <parameter {<option}

El comando de RasMol "set" permite al usuario cambiar algunos parámetros internos del programa tales como los que controlan las opciones de representación. Cada parámetro posee una serie propia de opciones de parámetros permisibles. Normalmente, la omisión de la opción parámetro reajusta dicho parámetro a su valor por defecto. La descripción completa de los comandos "set" se encuentra en el Manual de RasMol

Sección Parámetros Internos
 
 
 

Show
 

Sintaxis:  show information
           show sequence
           show symmetry

La orden de RasMol "show" muestra detalles del estado de la molécula con la que trabajamos. El comando "show information" proporciona el nombre de la molécula, la clasificación, el código PDB y el número de átomos, cadenas y grupos que contiene. En caso de que se hayan determinado el enlace de hidrógeno, los puentes de disulfuro o la estructura secundaria, el número de enlaces por puente de hidrógeno, enlaces disulfuro, hélices, plegamientos y giros beta se visualizan respectivamente. El comando "show sequence" facilita una lista de los residuos que componen cada cadena de la molécula.
 
 
 

Slab
 

Sintaxis:  slab {<boolean}
           slab <value

El comando "slab" permite realizar un corte sobre el eje Z de la molécula, lo cual permite mostrar segmentos y/o residuos ubicados al interior de su estructura. Es posible definir un valor entre 0 y 100 el cual determina la posición plano de corte, a partir de este momento solo se visualizarán las porciones de la molécula que encuentren más alejadas que el plano de corte respecto al observador, así el comando "slab 0" corresponde a un corte sobre la parte posterior de la molécula y el comando "slab 100" a uno sobre su punto más delantero, valores intermedios determinan el porcentaje de la molécula que va a ser dibujada.
 
 
 

Spacefill
 

Sintaxis:  spacefill {<boolean}
           spacefill temperature
           spacefill user
           spacefill <value
 

La orden de RasMol "spacefill" (espacio relleno) se usa para representar todos los átomos actualmente seleccionados como esferas sólidas. Este comando se emplea para producir tanto esferas unidas como modelos de bolas y barras de la molécula. El comando por defecto, representa cada átomo como una esfera con su respectivo radio de Van der Waal. El comando "spacefill off" anula la representación de los átomos seleccionados como esferas. Se puede especificar el radio de la esfera como un número entero en unidades RasMol (1/250 angstróm) o un valor que contenga punto decimal. Un valor igual o superior a 500 (2.0 angstróms) produce un error del tipo "Parameter value too large" (valor de parámetro demasiado grande).
 
 
 

Ssbonds
 

Syntax:  ssbonds {<boolean}
         ssbonds <value
 

La orden "ssbonds" se utiliza para representar los puentes disulfuro de la molécula de proteína, bien como líneas punteadas, bien como cilindros entre las cisteínas conectadas. La primera vez que se usa el comando "ssbonds", el programa busca la estructura de la proteína con el fin de encontrar pares de cisteínas (cuyos grupos sulfuros estén a unos 3 angstróms de la otra) e informa al usuario del número de puentes. La orden "ssbonds on" visualiza los enlaces escogidos como líneas de puntos y "ssbonds off" desactiva la visualización en el área seleccionada. El color de los enlaces de disulfuro se puede cambiar con la orden "colour ssbonds". Por defecto, los enlaces disulfuro se dibujan entre los átomos de sulfuro del grupo cisteína y con el mismo color de los átomos de azufre que lo forman.

Visualizar  los puentes disulfuro de la Inmunoglobulina G
load "Igg1all.pdb"
wireframe off
backbone 1.2
color chain
select cystine
color black
ssbonds 1.0.
zoom 130

 
 
 

Stereo
 

Syntax:  stereo on
         stereo [-] <number
         stereo off
 

La orden "stereo" de RasMol activa una visualización de imágenes estéreo lado con lado. Esta visualización puede conectarse y desconectarse bien mediante el menú de opciones (Options menu) seleccionando Stereo, o bien tecleando la orden "stereo on" o "stereo off". El ángulo de separación entre las dos vistas puede regularse con la orden "set stereo [-] <number", donde los valores positivos producen una visión "bizca" y los negativos "relajada".

El comando "stereo" solo está parcialmente implementado. Cuando se activa la imagen estéreo no queda bien centrada, esto se puede arreglar con la orden "translate x -<number". Tampoco está soportada en el vector de archivos de salida PostScript, no es salvada por la orden "write script" y en general no esta bien intercomunicadas con diversas otras funciones del programa. Cuando se activa slab junto a estereo, la imagen resultante no es una visión estereoscópica.
 
 
 

Strands
 

Syntax:  strands {<boolean}
         strands <value
         strands dashes

La orden de RasMol "strands" visualiza la proteína o ácido nucléico con que trabajamos como una "cinta" lisa curvada "depth-cued" que pasa a lo largo del eje de la molécula. La cinta está compuesta de una serie de filamentos que corren paralelos entre sí a lo largo del eje de cada aminoácido o nucleótido según sea el caso. Este mismo efecto puede lograrse con la Barra de herramientas de RasMol en la ventana "Display".

Por defecto la cinta adopta el color del átomo con el que se encuentre en su recorrido longitud. La orden "colour ribbon" cambia el color de la cinta.  El filamento central y aquél que se encuentra en la parte más externa se pueden colorear independientemente con las órdenes "colour ribbon1" y "colour ribbon2", respectivamente.

El parámetro opcional determina la anchura de la cinta en cada posición en unidades RasMol. La cinta adquiere una anchura extraída de la estructura secundaria de la proteína o de un valor constante de 720 para ácidos nucléicos (lo cual significa una anchura de 2,88 angstróms). La anchura inicial de las alfa hélices de proteína y de las hojas plegadas beta es de 380 (1,52 angstróms) y 100 (0.4 angstróms) para giros y espirales. Esta orden es parecida a "ribbons" que representa la cinta como una superficie sombreada lisa.
 
 
 

Structure
 

Syntax:  structure

La orden "structure" calcula las asignaciones de estructura secundaría para la proteína cargada. En primer lugar se localizan los enlaces de hidrógenos de la molécula, en caso de que no se hubiera hecho previamente, la estructura secundaría es determinada a través del algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Una vez finalizado, el programa informa del número de hélices, filamentos y giros encontrados.
 
 
 

Trace
 

Syntax:  trace {<boolean}
         trace <value
         trace temperature

La orden de RasMol "trace" visualiza una línea lisa entre dos carbonos alfa consecutivos. Esta línea no pasa exactamente a través de la posición del carbono alfa de cada resíduo, sino que sigue la misma vía de ribbons, strands, y cartoons. Cada residuo puede ser visualizado como "ribbon", "strands", "cartoon" o "trace", activando una de esas representaciones se inactivan las otras. Sin embargo, un residuo puede visualizarse simultáneamente como  una combinación de "backbone" y cualquiera de las otras representaciones. El comando "trace temperature" permite visualizar la columna como un cilindro más ancho para factores de alta temperatura y más delgado para factores de baja. Esta representación es útil para cristalografía y espectroscopía de RMN.
 
 
 

Translate
 

Syntax:  translate <axis {-} <value

La orden de RasMol "translate" mueve la posición del centro de la molécula en la pantalla. El parámetro de eje específica a lo largo de qué eje se va a trasladar la molécula y el parámetro entero especifica la posición absoluta del centro de la molécula desde la parte central de la pantalla. X, Y y Z son los valores permitidos para el parámetro eje. Los valores de desplazamiento deben oscilar entre -100 y 100, más allá de ellos, la molécula desaparece de la pantalla. Un desplazamiento positivo X mueve la molécula hacia la derecha; y uno positivo Y hacia abajo. Las órdenes "translate x 0" y "translate y 0" centran la molécula en la pantalla.
 
 
 

Wireframe
 

Syntax:  wireframe {<boolean}
         wireframe <value
         wireframe dashes

La orden "wireframe" representa cada enlace de la región seleccionada como un cilindro, una línea o un vector depth-cued. Las órdenes "wireframe" o "wireframe on" activan la visualización de los enlaces a manera de vectores depth-cued (aparecen más oscuros cuanto más lejos estén del observador).

Los enlaces seleccionados se visualizan como cilindros especificando un radio como un número entero en unidades RasMol o como decimal en angstróms. Un valor de parámetro de 500 (2.0 angstróms) o más resulta en un error de "valor de parámetro demasiado grande" ("Parameter value too large"). La orden "colour bonds" colorea los enlaces.

Por defecto, cuando se carga una molécula, por ejemplo en formato pdb, esta aparece en la ventana Rasmol en representación tipo "wireframe". Las representaciones wireframe, backbone y strands pueden visualizarse con líneas "borradas" (dotted). Esto se consigue con los parámetros "dash" o "dashes" de los comandos "wireframe", "backbone" y "strands".
 
 
 

Write
 

Syntax:  write {<format} <nombre de archivo

Este comando sirve para copiar la imagen en un archivo en un formato de exportación estándar. Los formatos de archivos de imágenes actualmente disponibles son: "gif" (Compuserve GIF), "iris" (formato IRIS RBG), "ppm" (Portable Pixmap), "ras" (Archivo exportable de Sun), "ps" y "epsf" (PostScript Encapsulado), "monops" (PostScript Monochrome Encapsulado), "vectps" (Vector PostScript, ver mas adelante), "bmp" (mapa de bits de Microsoft) y "pict" (Apple PICT). La orden "write" sirve también para crear órdenes "scripts" para otros programas de gráficos.

No existe ya ninguna diferencia entre esta orden y la orden de RasMol "save". La única diferencia consiste en que "save", sin un especificador de formato, genera un archivo PDB y la orden "write" genera una imagen GIF. La orden "set write" activa y desactiva el uso de "save" y "write" en "scripts".
 
 
 

Zap
 

Syntax:  zap

Esta orden borra el contenido de la base de datos actual y vuelve a colocar las variables de parámetros en su estado inicial.
 
 
 

Zoom

Syntax:  zoom {<boolean}
         zoom <value

Esta orden altera el aumento de la imagen visualizada. Un valor entero entre 10 y 200 señala el aumento deseado como un porcentaje de la escala inicial, el parámetro mínimo es 10, el máximo depende del tamaño de la molécula que se está visualizando, para una proteína de tamaño medio es de aproximadamente 500.
 


Expresiones Atómicas
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