Propiedades de los Archivos PDBs





Los archivos de coordenadas moleculares contienen información precisa sobre la estructura tridimensional de una molécula. Estos archivos son de acceso público y pueden conseguirse en diferentes sitios a través del WEB, uno de sitios más utilizados es el Protein Data Bank (PDB) : www.pdb.bnl.gov/pdb-bin/pdblite.htmówww.rcsb.org.

En él se encuentran los archivos de coordenadas moleculares para la mayoría de moléculas cuya estructura terciaria ha sido dilucidada por las técnicas de Difracción de Rayos X  y Resonancia Magnética Nuclear, como también los archivos de coordenadas construidos mediante la aplicación de modelos matemáticos.
 

Líneas de un PDB
La información de un archivo PDB se encuentra distribuida en diferentes líneas ó encabezados que contienen propiedades particulares de la molécula, estas líneas son:
 
HEADER
Nombre y fecha de creación del archivo PDB. 
COMPND
Nombre de la molécula.
SOURCE
Organismo del que se obtuvo la proteína.
AUTHOR
Lista de los Autores que proporcionaron la estructura molecular al PDB
REVDAT
Datos de revisión de la estructura de la proteína.
REMARK
Comentarios en relación a los artículos en donde se publicó la estructura molecular o sobre las características de la molécula.
SPRSDE
Lista de archivos de coordenadas para la misma estructura.
SEQRES
Secuencia de los aminoácidos de la proteína.
FTNOTE
Notas de pie de página. No todos los archivos lo tienen.
HET &  FORMUL
Lista de cofactores, grupos prostéticos, inhibidores y otras sustancias no proteicas presentes.
HELIX, SHEET & TURN 
Lista de los residuos con estructura secundaría en la proteína.
CRYST1, ORIG & SCALE 
Información general sobre los cristales con los que se obtuvo la estructura por Rayos X
ATOM & HETATM
Contiene la información de la posición espacial en los ejes X,Y y Z de cada uno de los átomos, especificando el residuo y la cadena.
CONECT
Enlaces formados entre los átomos no proteicos presentes en el PDB.
MASTER & END
Indican la finalización del archivo.

 

Las líneas ATOM, se tienen la siguiente estructura :
 
 

ATOM     29  CA  PRO A   5      -2.551 -37.351   4.539  1.00  0.00      1CLG  79


N = Nitrógeno del grupo Amida CA = Carbono alpha 
O = Oxígeno del grupo Carbonilo CB= carbono beta
CB = Carbono beta CD= Carbono delta


Esta información puede leerse con un editor de texto normal como Word o el Bloc de Notas. es importante tener en cuenta que al cambiar alguno de estos parámetros se afecta la estructura molecular en conjunto, por ello, de ser necesario, los cambios realizados deben guardarse con un nombre distinto al código de identificación ID asignado por el PDB.


RasMol y Chime