Introducción a RasMol 





RasMol es un programa de gráficos moleculares que permite la visualización de moléculas complejas como Proteínas y Acidos Nucléicos, fue desarrollado por la Unidad de Biocomputación de la Universidad de Edinburgo y el Departamento de Estructura Biomolecular de la Unidad de Investigación y Desarrollo de Laboratorios Glaxo, en Greenford, Middlesex, UK. Su autor es Roger Sayle.

El programa RasMol trabaja con archivos de coordenadas moleculares de diferentes formatos, entre ellos: PDB (Brookhaven Protein Databank), MDL (Molecular Design Limited's ), MSC (Minnesota Supercomputer Centre's) XYZ (XMol) y CHARMm. Estos archivos contienen la posición espacial de cada uno de los átomos que conforman una determinada molécula y los enlaces formados entre ellos. Si desea mayor información sobre estos archivos consulte :
Propiedades de los archivo PDB
 
 

Aplicaciones de RasMol:
 


Ventanas de RasMol :
 

RasMolfue desarrollado inicialmente para trabajar bajo UNIX, sin embargo se han desarrollado diferentes versiones para diferentes sistemas operativos incluyendo Windows. En todos los casos RasMolse ejecuta desde dos ventanas:
 


Menú de Herramientas :
 
 

FILE
 

Open :
Carga el archivo PDB de la molécula de interés
Information : 
Nombre y Código PDB de la molécula
Número de átomos, grupos, cadena y enlaces.
Print

Exit
 

EDIT
 
Select All :
Selecciona todos los átomos del archivo de coordenadas moleculares.
Cut

Copy

Paste

Delete
 

 

DISPLAY
 
Wireframe :
Representación de los enlaces de la molécula. Esta es la representación con la que  por defecto se carga la molécula.
Backbone :
Representación del eje de la molécula, es una línea que une los átomos del enlace peptídico para las proteínas o del esqueleto azúcar fosfato para los ácidos nucléicos.
Stick :
Representación similar a "Wireframe" pero con mayor diámetro de los enlaces.
Spacefill :
Representación de los átomos como esferas sólidas con los radios atómicos a escala.
Balls & Stick :
Representación de los átomos y los enlaces de la molécula.
Ribbons :
Representación en  forma de cintas gruesas que unen el eje de la molécula, con mayor anchura en los segmentos alfa hélice y hoja plegada beta. 

Cartoons :

Representación similar a "Ribbons". Los segmentos en con estructura de hoja plegada beta se representan como una fecha con la cabeza hacia el extremo C-Terminal.
Strands :
Representación  en forma de líneas paralelas, trazadas entre los átomos del eje de la molécula, con mayor separación entre los trazos en los segmentos alfa hélice y hoja plegada beta.
COLORS
 

Monochrome
CPK
Shapely
Group
Chain
Temperature
Structure
User

La descripción de las opciones del Menú Colors se encuentran en el Manual de RasMol 

Sección Colores y Esquemas de Color
 

OPTIONS
 
Slab Mode :
Corte en el eje "z" sobre la molécula de manera que sólo se observan las regiones ubicabas por detrás del plano de corte.
Hydrogens :
Permite controlar la visualización de los átomos de Hidrógeno de la molécula.
Hetero Atoms :
Permite controlar la visualización de los átomos de agua, iones metálicos, sales, cofactores, etc., asociados a la molécula.
Specular :
Activa y desactiva la visualización de reflejos luminosos sobre aquellos objetos opacos dibujados por RasMol. 
Shadows :
Activa y desactiva el trazado de radios de la imagen representada. Sólo la representación en "Spacefill" puede ser sombreada o emitir sombras. 

Stereo :

Controla la separación de las imágenes izquierda y derecha de la molécula
Labels :
Marca el nombre y posición de los átomos del archivo de coordenadas moleculares.
EXPORT
 
Permite exportar la representación de la molécula en diferentes formatos gráficos.
 
 

HELP





Proporciona ayuda on-line sobre los comandos y aplicaciones básicas de RasMol.
 
 

 

Línea de Comandos :
 
 

Es la ventana desde donde se digitan los comandos de RasMol, cada uno seguido de enter.

La descripción de estos comandos, en el Manual de RasMol:

Sección Comandos de Rasmol

Es recomendable dividir la pantalla entre ambas ventanas ya que esto facilita observar el efecto de cada comando sobre la representación de la molécula.
 


 
 

Además es posible cambiar la posición de la molécula 
utilizando el mouse, para ello consulte :
Utilidades del ratón

Antes de iniciar:
 

Encontrarán sitios e información de gran interés para los usuarios de RasMol, acceso on-line a bancos de diferentes tipos de moléculas, animaciones o scripts desarrollados por la comunidad de RasMol y acceso gratuito al software de visualización molecular.

RasMol y Chime